În practică sunt numeroase situații în care, în urma unui control, se încheie un proces-verbal intermediar prin care doar se consemnează constatările preliminare ale echipei de control, fără a se aplica imediat și sancțiune, întrucât, de exemplu, sunt necesare verificări factuale/documentare suplimentare. Un astfel de exemplu este în materia constatării sancțiunilor cu privire la legislația RO e-Transport, unde inspectorii antifraudă fiscală emit un proces-verbal care conține constatările rezultate în urma controlului antifraudă, urmând ca apoi, în funcție de existența sau nu a contravenției, să emită separat și un proces-verbal contravențional de sancționare a faptei.
Într-o astfel de situație, de regulă, cu prilejul formulării unei plângeri contravenționale, contribuabilii sunt interesați să obțină, alături de anularea procesului-verbal contravențional, prin care s-a aplicat efectiv sancțiunea contravențională, inclusiv anularea procesului-verbal intermediar de control, întrucât și acesta conține constatări potrivnice poziției procesuale a petentului, astfel cum au rezultat în urma controlului antifraudă.
Soluțiile instanțelor cu privire la competența materială de cercetare a legalității procesului-verbal de control nu sunt complet uniformizate în practică, sens în care unele judecătorii învestite cu plângere contravențională împotriva ambelor procese-verbale (atât cel de control, cât și cel contravențional) invocă excepția necompetenței materiale și declină analiza legalității procesului-verbal de control către tribunal, ca primă instanță de contencios administrativ. Argumentul folosit în acest scop este că doar procesele-verbale contravenționale pot fi atacate prin plângere contravențională conform O.G. nr. 2/2001, iar procesul-verbal de control ar fi un act administrativ care atrage competența tribunalului conform Legii nr. 554/2004.
Într-un litigiu gestionat de echipa de avocați Reff & Asociații | Deloitte Legal având ca obiect o plângere contravențională împotriva unei presupuse nereguli legate de raportarea în sistemul RO e-Transport, Curtea de Apel București, soluționând în regulator de competență conflictul negativ de competență ivit între Judecătoria Sectorului 2 și Tribunalul București, a stabilit că procesul-verbal de control antifraudă poate fi contestat prin plângere contravențională doar odată cu procesul-verbal de constatare și sancționare a contravențiilor, iar competența materială de soluționare aparține judecătoriei. Curtea a reconfirmat, astfel, că procesul-verbal de control conține exclusiv constatări de fapt ale organelor de control, fără a produce prin el însuși efecte juridice autonome în raport cu contribuabilul. Mai exact, el nu naște, nu modifică și nu stinge raporturi juridice, fiind calificat drept simplă operațiune administrativă prealabilă, iar nu act administrativ în sensul Legii nr. 554/2004.
Așadar, procesul-verbal de control nu poate fi disociat de procesul-verbal contravențional, eventualele critici privind legalitatea și temeinicia constatărilor din control urmând a fi valorificate în cadrul plângerii contravenționale, în fața judecătoriei competente, conform prevederilor generale ale OG nr. 2/2001, iar nu printr-o acțiune separată în contencios administrativ pe rolul tribunalului.